Nature Communications：RNA二级构造测序新技术解析Dicer联合与切割底物的RNA构造根底

RNA构造是RNA的调控与功效的根底。过来迷信家们使用X-ray晶体衍射、NMR、冷冻电镜等生物物理的伎俩，解析了许多RNA三维构造，提醒了RNA发扬分歧功效的构造根底。跟着二代测序技术的倒退，研讨者联合化学修饰与高通量测序开辟了许多高通量探测全转录组RNA二级构造的技术，并利用于RNA构造与RNA相关调控的功效研讨中，提醒出RNA构造在转录后调控中的普遍作用。张强锋课题组始终致力于RNA构造的研讨，将RNA构造探测技术利用于分歧亚细胞空间定位 (Sun et al.， 2019)、晚期胚胎发育分歧时期 (Shi et al.， 2020)RNA构造图谱的描绘以及寨卡病毒 (Li et al.， 2018)、新冠病毒 (Sun et al.， 2021)RNA基因组构造的解析。

然而今朝已有的高通量探测RNA二级构造技术捕捉的RNA构造信息并不完全。因为现有的技术依赖于逆转录终止位点得到构造信息，是以RNA 3’末尾的构造信息产生缺失。为解决这一成绩，张强锋课题组开辟了基于逆转录渐变的探测全长RNA二级构造的技术—icSHAPE-MaP（图1a），可以得到片断较短的RNA（例如pre-）或许RNA功效元件（通常片断较短）的完全构造信息。该研讨任务将icSHAPE-MaP与免疫共积淀相联合利用于描绘Dicer联合底物的二级构造图谱；优化了miRbase数据库中pre-miRNA的二级构造模子；发现Dicer关于分歧构造类型的底物具备联合与切割的偏好性；并使用icSHAPE-MaP获得的构造信息为约束对pre-miRNA进行更契合心理状态的三级构造建模，发现 Dicer选择切割位点的偏好空间间隔（图1b）。(100yiyao.com）