Nature Methods：开辟胞嘧啶碱基编纂器中靶效应检测的新对象

北年夜-清华性命迷信结合中间、北京年夜学性命迷信学院伊成器传授课题组在Nature Methods杂志颁发了题为“Detect-seq reveals out-of-protospacer editing and target-strand editing by cytosine base editors”的封面文章。研讨职员在本研讨任务的次要奉献如下：

树立了一种无方向性的中靶检测技术

作者通过捕捉胞嘧啶碱基编纂器CBE[1]发生的（dU），并进行一系列标志和富集[2， 3]，得到具备间断C-to-T渐变的中靶旌旗灯号，并将其定名为Detect-seq（dU-detection enabled by C to T transition during sequencing）技术，该技术的次要技术路线如图1所示。

研讨职员在人胚肾细胞HEK293T和人细胞MCF-7转染BE4max[4]，使用多种分歧的sgRNA对基因组靶向位点进行C-to-T的编纂；同时对这些样本中进行了Detect-seq检测。通过Detect-seq检测发现，除RNF2位点外，其它靶向位点均可以发生几十至数百个Cas9依赖型的中靶位点（图2）。

发现了两种新型中靶位点（out-of-protospacer edit和target-strand edit）

乏味的是，研讨职员基于Detect-seq技术还发现了两种新型的Cas依赖型的中靶编纂：sgRNA联合区域外编纂（out-of-protospacer edit）及靶向链编纂（target-strand edit）（图3）。sgRNA联合区域外编纂即C-to-T的编纂产生在sgRNA联合区域外；而靶向链编纂则是C-to-T编纂产生在sgRNA与DNA联合链。依据Detect-seq的成果，上述两种编纂广泛存在于Cas9依赖型的中靶位点邻近。

综上所述，Detect-seq技术为碱基编纂畛域内提供了一种可能高敏锐、高特异、无偏好性地检测细胞内的CBE中靶位点的办法。中靶效应懂得的加深，也将为说明CBE的催化机制、优化改革更平安的CBE对象带来新的视角与能够。(100yiyao.com）